La historia trata de un joven llamado Kenshin Himura, el mayor hitokiri (asesino) que luchó junto a los Ishin Shishi (patriotas de la restauración contra el Bakufu (gobierno del Shōgun) durante el Bakumatsu), apodado Hitokiri Battousai. Finalizados los disturbios este joven se promete no volver a matar gente y comienza a vagabundear por el pais. Para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió decide proteger a las personas a su alrededor estilo de kenjutsu más aterrador y poderoso que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū. El mismo fue aprendido gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūrō. Para poder utilizar este estilo de esgrima mortal sin matar a su oponente, Kenshin empuña una Sakabatou, una katana con el filo y el lado romo invertidos.

La historia comienza al llegar Kenshin a Tokio, donde conoce a Kaoru Kamiya, la joven instructora suplente del dojo de kendo donde se practica el estilo Kamiya Kashin Ryu. Con el tiempo se les unirán Yahiko Myōjin, un niño huérfano que era obligado a robar en las calles por un grupo yakuza; Sanosuke Sagara, un luchador a sueldo que odia profundamente a los Ishin Shishi; y Megumi Takani una doctora que busca a su familia perdida de Aizu.

Los problemas surgirán cuando distintos enemigos relacionados con el oscuro pasado de Kenshin hagan aparición. A muchos de ellos los moverán intereses personales, otros en cambio serán antiguos enemigos de Kenshin que buscarán venganza.