Monster Rancher cuenta la historia de Genki, un niño algo adicto a los videojuegos quien gana como premio por haber sido el vencedor en una competencia, un nuevo juego que aún no había salido a la venta.

Pero para su sorpresa, cuando intenta jugarlo, se introduce en éste y llega a otro mundo. En este mundo los humanos viven pacificamente, la mayor parte del tiempo, con los monstruos que en el habitan. Esos monstruos nacen de discos que pueden ser encontrados en todo tipo de lugares. Para traerlos a la vida, solo se los coloca en santuarios especiales. Existen centenas de tipos de monstruos, de todas las formas, colores y tamaños.